楠翼学园的第三个特点是：它的行政组织。
一般来说，行政组织是以各处事不同的行政人员、教师、教官、校长等所组成，每个人都可以提出意见，以校长为最高指导。不过，在这里还多了一个学生的组织代表，就像是英国的上下议院一样，楠翼的学生会就是这种性质。
普通学校的班联会通常只是管一些学生活动，例如办办舞会啦、提出制服书包款式、毕业典礼的筹办、反应学生对学校的各种意见等等。但是楠翼的学生会对于学校决策却有决定性的权力。学生会的干部极少，只有两人，主席与副主席，没有秘书或其它干部，但一定是学校最有能力及人望最高的人。
由于是采中央集权制，所以能决定事情的只有正、副主席和理事长（校长）三人，也就是学校的龙头。